La historia comienza en el año 1630, un cierto portugués, de nombre Antonio Faría de Sá, hacendado de Sumampa, jurisdicción de Córdoba del Tucumán, pidió a un amigo suyo, Juan Andrea, marino, que le trajese del Brasil una imagen de la Concepción de María Santísima con el propósito de venerarla en la Capilla que estaba fabricando en su estancia. Juan Andrea le trajo dos imágenes de Nuestra Señora, que llegaron al puerto de Buenos Aires. Una era de la Purísima Concepción; la otra, del título de la Madre de Dios con el niño Jesús dormido entre los brazos.
Ambas imágenes fueron colocadas en dos cajoncillos y subidas a una carreta. Al llegar a las orillas del Río Luján, en la estancia de Rosendo, los troperos se detuvieron allí para pasar la noche. Al día siguiente, una clara mañana de Mayo, queriendo proseguir el camino no pudieron mover la carreta. Admirados de la novedad pasaron a individualizar la causa y declaró el conductor del convoy: “Aquí vienen dos cajones con dos bultos de la Virgen, que traigo recomendados para una capilla de Sumampa”. Cuando abrieron el cajón, hallaron una bella imagen de Nuestra Señora de la Concepción, de media vara de alto y con las manos juntas ante el pecho. Luego de venerar la Santa Imagen la llevaron en procesión a la casa de Rosendo y sus dueños le levantaron un humilde altar. Fue entonces cuando un joven negro llamado Manuel- dijo: “Sáquese de la carreta uno de los cajones y observemos si camina”. Así se hizo, pero en vano. “Truéquense los cajones”, replicó él mismo. Entonces ocurrió que al cambiar los cajones y al tirar los bueyes la carreta se movió sin dificultad.
Parecía imposible que el pequeño envoltorio y su mínimo peso impidieran la reanudación. El boyero entendió entonces que, lo único que podía impedir la continuidad de la marcha, era el deseo de la Virgen de quedarse en ese lugar.
Los hombres comprendieron que estaba ocurriendo algo milagroso. Al ver que la Virgen no quería marcharse se dirigieron a la casa más cercana, la de don Rosendo. La familia se emocionó al ver la imagen y la colocaron el su casa, la noticia corrió por toda la región, y se enteraron hasta en Buenos Aires.
Las personas empezaron a viajar al lugar, entonces don Rosendo construyó una pequeña capilla, entre los pajonales de la pampa.
Manuel, un pequeño esclavo de color que trabajaba en esa estancia fue testigo de toda esa maravilla. Viendo sus patrones el intenso amor que demostraba a la Virgen, lo destinaron al exclusivo cuidado de la imagen, lo que hizo hasta su muerte. Se encargaba del orden en la ermita y de los vestidos de la Virgen, dirigiendo los rezos de los peregrinos. Al fallecer Don Rosendo, su estancia quedó abandonada, pero Manuel continuó, con santa constancia, el servicio que se había impuesto.
Muy preocupada con la soledad de la Virgen en esos parajes, la señora Ana de Matos, viuda del capitán español Marcos de Sequeira, propietaria de una estancia ubicada sobre la margen derecha del río Luján y muy bien defendida, no viendo ningún interés de las autoridades civiles y eclesiásticas, le solicitó al administrador de Don Rosendo la cesión de la imagen de la Virgen de Luján. Ella le aseguró el cuidado y la construcción de una capilla digna y cómoda, facilitando la estadía de los peregrinos. Juan de Oramas, el apoderado, aceptó la oferta y doña Ana de Matos le pagó por la cesión de la imagen.
Feliz de haber logrado su propósito, la instaló en su oratorio, pero a la mañana siguiente, cuando se dirigió ahí para rezar, descubrió con asombro y angustia que la Virgen no estaba en su altar.
Ello volvió a ocurrir varias veces hasta que, el obispo de Buenos Aires, fray Cristóbal de Mancha y Velazco, y el gobernador del Río de la Plata, don José Martínez de Salazar, organizaron el traslado en forma oficial y con todos los honores que merecía Nuestra Señora, acompañada por doña Ana y Manuel, quien esta vez acompañó a su querida Señora.
De este modo, la Virgen permaneció en su nueva residencia. En 1677, la señora de Matos donó el terreno donde hoy se levanta la Basílica.
